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果樹所專家成功組裝梨矮化砧木‘中矮1號’高質量參考基因組

 

    1125日,中國農業科學院果樹研究所資源與育種創新團隊完成了梨矮化砧木品種——‘中矮1號’高質量基因組測序與組裝。相關研究以題“A de novo genome assembly of the dwarfing pear rootstock Zhongai 1”在《Scientific Data》在線發表。

    該研究以‘中矮1號’為試材,以PacBio三代測序技術為主,Illumina二代測序技術為輔進行了全基因組測序和組裝,并通過Hi-C技術將組裝的contig掛載到染色體水平。該研究最終獲得了一個510.59 Mb的參考基因組,contigN50為1.28 Mb,其中,506.31 Mb99.16%)的序列被掛載到17條染色體上,已知順序和方向的序列為427.18 Mb,占預測基因組大小的(511.33 Mb)83.5%。該基因組還成功預測了309.86 Mb (60.68%) 的重復序列和43,120個蛋白編碼基因,是繼該團隊杜梨基因組后的另一個高質量梨參考基因組。

中矮1號是我國自主選育的第一個梨矮化砧木新品種,其作中間砧木具有促進嫁接樹矮化、早果和豐產等優點,在梨矮化密植栽培和矮化砧木育種中發揮著重要作用;同時,‘中矮1號’源于‘錦香’梨(南果梨×巴梨)實生后代,遺傳背景復雜,基因組代表性廣。該參考基因組的成功組裝,不僅為今后解析梨矮化、早果等性狀形成的分子機制奠定基礎,也為其他性狀研究和比較基因組學研究提供了詳實有效的參考數據,必將在梨基因組學研究和分子輔助育種方面發揮重要作用。

該研究得到了中國農科院科技創新工程和中央級公益性科研院所基本科研業務費項目的資助,并與北京百邁克生物科技有限公司合作完成。(通訊員:何文上)

原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41597-019-0291-3

 

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